În apele Dunării se găsesc reziduuri de pesticide (HCH si DDT) în concentraţii medii anuale care depăşesc maximele admise, cu 30% şi respectiv 45%. Cauzele acestor depăşiri sunt deversarea apelor industriale uzate în apa Dunării şi antrenarea pesticidelor de pe terenurile agricole.
Alte substanţe poluante cu impact toxicologic sunt metalele, în special fier, cadmiu şi plumb. Acestea provin din deversarea în Dunăre a apelor uzate orăşenesti şi industriale.
Depozitarea gunoiului menajer crează probleme serioase de mediu. Localnicii aruncă de multe ori gunoiul la marginea satelor, pe diguri, terenuri necultivate sau chiar în apă. Turiștii care străbat Delta și pensiunile turistice sunt alte surse de poluare.

Pe lângă educarea oamenilor și înțelegerea necesității ecoturismului, autoritățile au în vedere realizarea unui sistem integrat de gestionare a deșeurilor. Investițiile necesare sunt evaluate la peste 4 milioane de euro.